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2.
Mol Biol Evol ; 41(1)2024 Jan 03.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-38168711

RESUMO

In recent times, pathogen genome sequencing has become increasingly used to investigate infectious disease outbreaks. When genomic data is sampled densely enough amongst infected individuals, it can help resolve who infected whom. However, transmission analysis cannot rely solely on a phylogeny of the genomes but must account for the within-host evolution of the pathogen, which blurs the relationship between phylogenetic and transmission trees. When only a single genome is sampled for each host, the uncertainty about who infected whom can be quite high. Consequently, transmission analysis based on multiple genomes of the same pathogen per host has a clear potential for delivering more precise results, even though it is more laborious to achieve. Here, we present a new methodology that can use any number of genomes sampled from a set of individuals to reconstruct their transmission network. Furthermore, we remove the need for the assumption of a complete transmission bottleneck. We use simulated data to show that our method becomes more accurate as more genomes per host are provided, and that it can infer key infectious disease parameters such as the size of the transmission bottleneck, within-host growth rate, basic reproduction number, and sampling fraction. We demonstrate the usefulness of our method in applications to real datasets from an outbreak of Pseudomonas aeruginosa amongst cystic fibrosis patients and a nosocomial outbreak of Klebsiella pneumoniae.


Assuntos
Doenças Transmissíveis , Humanos , Filogenia , Doenças Transmissíveis/genética , Doenças Transmissíveis/epidemiologia , Surtos de Doenças , Genômica , Mapeamento Cromossômico , Transmissão de Doença Infecciosa
3.
J Med Internet Res ; 26: e44249, 2024 Jan 04.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37967280

RESUMO

BACKGROUND: The correlates responsible for the temporal changes of intrahousehold SARS-CoV-2 transmission in the United States have been understudied mainly due to a lack of available surveillance data. Specifically, early analyses of SARS-CoV-2 household secondary attack rates (SARs) were small in sample size and conducted cross-sectionally at single time points. From these limited data, it has been difficult to assess the role that different risk factors have had on intrahousehold disease transmission in different stages of the ongoing COVID-19 pandemic, particularly in children and youth. OBJECTIVE: This study aimed to estimate the transmission dynamic and infectivity of SARS-CoV-2 among pediatric and young adult index cases (age 0 to 25 years) in the United States through the initial waves of the pandemic. METHODS: Using administrative claims, we analyzed 19 million SARS-CoV-2 test records between January 2020 and February 2021. We identified 36,241 households with pediatric index cases and calculated household SARs utilizing complete case information. Using a retrospective cohort design, we estimated the household SARS-CoV-2 transmission between 4 index age groups (0 to 4 years, 5 to 11 years, 12 to 17 years, and 18 to 25 years) while adjusting for sex, family size, quarter of first SARS-CoV-2 positive record, and residential regions of the index cases. RESULTS: After filtering all household records for greater than one member in a household and missing information, only 36,241 (0.85%) of 4,270,130 households with a pediatric case remained in the analysis. Index cases aged between 0 and 17 years were a minority of the total index cases (n=11,484, 11%). The overall SAR of SARS-CoV-2 was 23.04% (95% CI 21.88-24.19). As a comparison, the SAR for all ages (0 to 65+ years) was 32.4% (95% CI 32.1-32.8), higher than the SAR for the population between 0 and 25 years of age. The highest SAR of 38.3% was observed in April 2020 (95% CI 31.6-45), while the lowest SAR of 15.6% was observed in September 2020 (95% CI 13.9-17.3). It consistently decreased from 32% to 21.1% as the age of index groups increased. In a multiple logistic regression analysis, we found that the youngest pediatric age group (0 to 4 years) had 1.69 times (95% CI 1.42-2.00) the odds of SARS-CoV-2 transmission to any family members when compared with the oldest group (18 to 25 years). Family size was significantly associated with household viral transmission (odds ratio 2.66, 95% CI 2.58-2.74). CONCLUSIONS: Using retrospective claims data, the pediatric index transmission of SARS-CoV-2 during the initial waves of the COVID-19 pandemic in the United States was associated with location and family characteristics. Pediatric SAR (0 to 25 years) was less than the SAR for all age other groups. Less than 1% (n=36,241) of all household data were retained in the retrospective study for complete case analysis, perhaps biasing our findings. We have provided measures of baseline household pediatric transmission for tracking and comparing the infectivity of later SARS-CoV-2 variants.


Assuntos
COVID-19 , Transmissão de Doença Infecciosa , SARS-CoV-2 , Adolescente , Criança , Pré-Escolar , Humanos , Lactente , Recém-Nascido , Adulto Jovem , COVID-19/epidemiologia , Características da Família , Pandemias , Estudos Retrospectivos , Estados Unidos/epidemiologia
4.
J Clin Anesth ; 92: 111303, 2024 02.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37875062

RESUMO

BACKGROUND: Earlier studies showed net cost saving from anesthesia practitioners' use of a bundle of infection prevention products, with feedback on monitored Staphylococcus aureus intraoperative transmission. ESKAPE pathogens also include Enterococcus and gram-negative pathogens: Klebsiella, Acinetobacter, Pseudomonas, and Enterobacter. We evaluated whether bacterial contamination of patient nose, patient groin and axilla, anesthesia practitioners' hands, anesthesia machine, and intravenous lumen all contribute meaningfully to ESKAPE pathogen transmission within anesthesia work areas. METHODS: The retrospective cohort study used bacterial count data from nine hospitals, 43 months, and 448 ESKAPE pathogen transmission events within anesthesia areas of 86 operating rooms. Transmission was measured within and between pairs of successive surgical cases performed in the same operating room on the same day. RESULTS: There were 203 transmission events with S. aureus, 72 with Enterococcus, and 173 with gram negatives. ESKAPE pathogens in the nose contributed to transmission for 50% (99% confidence limit ≥45%) of case pairs, on the groin or axilla for 54% (≥49%), on the hands for 53% (≥47%), on the anesthesia machine for 21% (≥17%), and in the intravenous lumen for 24% (≥20%). ESKAPE pathogens in the nose started a transmission pathway for 27% (≥22%) of case pairs, on the groin or axilla for 24% (≥19%), on the hands for 38% (≥33%), on the anesthesia machine for 11% (≥7.6%), and in the intravenous lumen for 8.0% (≥5.3%). All P ≤ 0.0022 compared with 5%. CONCLUSIONS: To prevent intraoperative ESKAPE pathogen transmission, anesthesia practitioners would need to address all five categories of infection control approaches: nasal antisepsis (e.g., povidone-iodine applied the morning of surgery), skin antisepsis (e.g., chlorhexidine wipes), hand antisepsis with dispensers next to the patient, decontamination of the anesthesia machine before and during anesthetics, and disinfecting caps for needleless connectors, disinfecting port protectors, and disinfecting caps for open female Luer type connectors.


Assuntos
Anestesia , Infecção Hospitalar , Contaminação de Equipamentos , Feminino , Humanos , Antibacterianos/uso terapêutico , Axila/microbiologia , Infecção Hospitalar/prevenção & controle , Contaminação de Equipamentos/prevenção & controle , Virilha/microbiologia , Estudos Retrospectivos , Staphylococcus aureus , Transmissão de Doença Infecciosa
5.
Rev. bras. oftalmol ; 83: e0003, 2024. tab, graf
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1529931

RESUMO

RESUMO Objetivo: Identificar o perfil dos doadores de tecidos oculares humanos na área de atuação do Banco de Olhos da Paraíba, destacando o impacto da sorologia positiva para hepatite B no descarte dos tecidos para transplante. Métodos: O estudo é transversal e utilizou dados do Banco de Olhos da Paraíba entre janeiro de 2013 e dezembro de 2022. Dados sobre procedência, idade, sexo, causa do óbito, tempo entre óbito e enucleação, resultados sorológicos e motivo de descarte das córneas dos doadores foram coletados. Resultados: O maior motivo de descarte foi por sorologia positiva (56,5%), sendo positivadas as sorologias positivas para hepatite B e HBsAg em 11,1% e 4,75% dos pacientes, respectivamente. Conclusão: A sorologia positiva para hepatite B como um critério de descarte absoluto é responsável por grande parcela de descartes, apesar da pouca informação sobre suas repercussões e representação de infectividade nos receptores do transplante.


ABSTRACT Objective: To identify the profile of human ocular tissue donors in the area covered by the Eye Bank of Paraíba (PB), highlighting the impact of positive serology for hepatitis B (anti-HBc) in the disposal of tissues for transplantation. Methods: This is a cross-sectional that uses data from the Eye Bank of Paraíba (PB) between January 2013 and December 2022. Data on origin, age, sex, cause of death, time between death and enucleation, serological results, and reason for discarded donor corneas were collected. Results: The main reason for discarding was due to positive serology (56.5%), with positive anti-HBc and HBsAg serology in 11.1% and 4.75% of patients, respectively. Conclusion: Anti-HBc positive serology as an absolute disposal criterion is responsible for great part of disposals, despite little information about its repercussions and representation of infectivity in transplant recipients.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Pré-Escolar , Criança , Adolescente , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Doadores de Tecidos/estatística & dados numéricos , Transplante de Córnea/normas , Transplante de Córnea/estatística & dados numéricos , Seleção do Doador/normas , Bancos de Olhos/normas , Anticorpos Anti-Hepatite B/análise , Testes Sorológicos/normas , Vírus da Hepatite B , Estudos Transversais , Estudos Retrospectivos , Transmissão de Doença Infecciosa/legislação & jurisprudência , Transmissão de Doença Infecciosa/prevenção & controle , Transmissão de Doença Infecciosa/estatística & dados numéricos , Bancos de Olhos/estatística & dados numéricos , Hepatite B/prevenção & controle , Hepatite B/transmissão , Antígenos do Núcleo do Vírus da Hepatite B/análise
6.
Arq. ciências saúde UNIPAR ; 27(2): 754-769, Maio-Ago. 2023.
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1424943

RESUMO

A pandemia do novo coronavírus colocou em alerta os sistemas de saúde, estabelecendo sentimentos de instabilidade e de medo. O trabalho é e importante pilar para o traçado de políticas públicas. Objetivo: analisar a contaminação pelo COVID-19 em profissionais de hospital de referência no Pará. Metodologia: Trata-se de estudo retrospectivo, quantitativo, observacional, com aplicação de série temporal no período de março de 2020 a março de 2022. Foram incluídos todos os servidores atuantes durante a pandemia, que apresentaram atestados médicos com diagnóstico de COVID, e/ou testagem positiva, ou atestados por suspeita de contaminação. O perfil de servidores foi analisado, explorando as variáveis sexo, idade, convivência ou não com parceiros, grau de escolaridade, cargo e setor; juntamente com a incidência de casos confirmados e incidência total (suspeitos e confirmados). Resultados: O total de afastamentos do trabalho devido ao diagnóstico de COVID-19 foi de 1.420 casos, mais 839 casos suspeitos; sendo que 173 trabalhadores apresentaram reincidência. A incidência foi maior nos meses de maio de 2020, março de 2021 e janeiro de 2022. Houve predominância do sexo feminino e da categoria de enfermagem. Setores administrativos e financeiros apresentaram maior porcentagem de contaminados durante a pandemia (73,40%), proporcionalmente ao quantitativo de servidores atuantes na lotação. Entretanto, foram servidores da assistência direta ao paciente que apresentaram maior porcentagem de reinfecção. Conclusão: Foi possível visualizar três ondas na distribuição temporal dos casos de COVID-19, com destaque para elevação nos primeiros meses de 2022. O declínio no diagnóstico de casos novos no hospital estudado após dois anos de pandemia pode representar esforços individuais e coletivos em resistir às dificuldades da conjuntura. É importante observar o comportamento da pandemia em distintas regiões do Brasil para atualização de estratégias de enfrentamento como um todo.


The new coronavirus pandemic has put health systems on alert, establishing feelings of instability and fear. Working is an important pillar for the design of public policies. Objective: to analyze the contamination by COVID-19 in professionals of a reference hospital in Para's State. Methodology: This is a retrospective, quantitative, observational study, with the application of a time series from March 2020 to March 2022. All civil servants working during the pandemic, who presented medical certificates with a diagnosis of COVID, and/or or positive test, or attestations for suspected contamination. The servants' profile was analyzed, exploring the variables sex, age, living or not with partners, education level, position and sector; along with the incidence of confirmed cases and total incidence (suspected and confirmed). Results: The total number of absences from work due to the diagnosis of COVID-19 was 1,420 cases, plus 839 suspected cases; 173 workers presented recurrence. The incidence was higher in the months of May 2020, March 2021 and January 2022. There was a predominance of females and the nursing category. Administrative and financial sectors had a higher percentage of people infected during the pandemic (73.40%), proportionally to the number of servers working in the capacity. However, it was direct patient care workers who had the highest percentage of reinfection. Conclusion: It was possible to visualize three waves in the temporal distribution of COVID-19 cases, with emphasis on an increase in the first months of 2022. The decline in the diagnosis of new cases in the hospital studied after two years of the pandemic may represent individual and collective efforts to resist to the difficulties of the situation. It is important to observe the behavior of the pandemic in different regions of Brazil to update coping strategies in a general scenery.


La nueva pandemia de coronavirus ha puesto en alerta a los sistemas de salud, estableciendo sentimientos de inestabilidad y miedo. El trabajo es un pilar importante para el diseño de políticas públicas. Objetivo: analizar la contaminación por COVID-19 en profesionales de un hospital de referencia en el Estado de Pará. Metodología: Se trata de un estudio retrospectivo, cuantitativo, observacional, con la aplicación de una serie de tiempo de marzo de 2020 a marzo de 2022. Todos los funcionarios que trabajaron durante la pandemia, que presentaron certificados médicos con diagnóstico de COVID, y/o o test positivo, o atestados por sospecha de contaminación. Se analizó el perfil de los funcionarios, explorando las variables sexo, edad, convivencia o no con la pareja, nivel de escolaridad, cargo y sector; junto con la incidencia de casos confirmados y la incidencia total (sospechosos y confirmados). Resultados: El número total de bajas laborales por diagnóstico de COVID-19 fue de 1.420 casos, más 839 casos sospechosos; 173 trabajadores presentaron recurrencia. La incidencia fue mayor en los meses de mayo de 2020, marzo de 2021 y enero de 2022. Hubo predominio del sexo femenino y de la categoría de enfermería. Los sectores administrativo y financiero presentaron mayor porcentaje de infectados durante la pandemia (73,40%), proporcionalmente al número de servidores que trabajaban en esa función. Sin embargo, fueron los trabajadores de atención directa al paciente los que presentaron el mayor porcentaje de reinfección. Conclusiones: Fue posible visualizar tres olas en la distribución temporal de los casos de COVID-19, destacándose un aumento en los primeros meses de 2022. La disminución en el diagnóstico de nuevos casos en el hospital estudiado después de dos años de pandemia puede representar esfuerzos individuales y colectivos para resistir a las dificultades de la situación. Es importante observar el comportamiento de la pandemia en diferentes regiones de Brasil para actualizar las estrategias de afrontamiento en un escenario general.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Pessoal de Saúde/estatística & dados numéricos , COVID-19/epidemiologia , Hospitais/estatística & dados numéricos , Estudos Retrospectivos , Saúde Ocupacional , Transmissão de Doença Infecciosa , Pandemias/estatística & dados numéricos , Empregados do Governo , Reinfecção/epidemiologia , Pesquisa sobre Serviços de Saúde
7.
Nature ; 623(7985): 132-138, 2023 Nov.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37853126

RESUMO

Hospital-based transmission had a dominant role in Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) and severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) epidemics1,2, but large-scale studies of its role in the SARS-CoV-2 pandemic are lacking. Such transmission risks spreading the virus to the most vulnerable individuals and can have wider-scale impacts through hospital-community interactions. Using data from acute hospitals in England, we quantify within-hospital transmission, evaluate likely pathways of spread and factors associated with heightened transmission risk, and explore the wider dynamical consequences. We estimate that between June 2020 and March 2021 between 95,000 and 167,000 inpatients acquired SARS-CoV-2 in hospitals (1% to 2% of all hospital admissions in this period). Analysis of time series data provided evidence that patients who themselves acquired SARS-CoV-2 infection in hospital were the main sources of transmission to other patients. Increased transmission to inpatients was associated with hospitals having fewer single rooms and lower heated volume per bed. Moreover, we show that reducing hospital transmission could substantially enhance the efficiency of punctuated lockdown measures in suppressing community transmission. These findings reveal the previously unrecognized scale of hospital transmission, have direct implications for targeting of hospital control measures and highlight the need to design hospitals better equipped to limit the transmission of future high-consequence pathogens.


Assuntos
COVID-19 , Infecção Hospitalar , Transmissão de Doença Infecciosa , Pacientes Internados , Pandemias , Humanos , Controle de Doenças Transmissíveis , COVID-19/epidemiologia , COVID-19/transmissão , Infecção Hospitalar/epidemiologia , Infecção Hospitalar/prevenção & controle , Infecção Hospitalar/transmissão , Transmissão de Doença Infecciosa/prevenção & controle , Transmissão de Doença Infecciosa/estatística & dados numéricos , Inglaterra/epidemiologia , Hospitais , Pandemias/prevenção & controle , Pandemias/estatística & dados numéricos , Quarentena/estatística & dados numéricos , SARS-CoV-2
8.
Emerg Infect Dis ; 29(8): 1627-1629, 2023 08.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37486205

RESUMO

Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus) sequence type 283 bacteremia, found almost exclusively in Southeast Asia, is associated with consuming raw freshwater fish, but some patients deny consumption. We detected fecal carriage in 5/184 (2.7%) persons in northeast Thailand. Human carriers might contribute to transmission or be the original source of this sequence type.


Assuntos
Fezes , Infecções Estreptocócicas , Streptococcus agalactiae , Animais , Humanos , Sudeste Asiático , Peixes/metabolismo , Infecções Estreptocócicas/epidemiologia , Infecções Estreptocócicas/microbiologia , Infecções Estreptocócicas/transmissão , Streptococcus agalactiae/genética , Streptococcus agalactiae/isolamento & purificação , Tailândia/epidemiologia , Fezes/microbiologia , Prevalência , Transmissão de Doença Infecciosa/estatística & dados numéricos
9.
Cell Rep Med ; 4(7): 101094, 2023 07 18.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37385252

RESUMO

We report a case of fulminant fatal neonatal listeriosis due to horizontal transmission of Listeria monocytogenes (Lm) in a neonatal double room. Genomic analyses reveal a close genetic relationship between clinical isolates, supporting cross-contamination. Oral inoculation experiments in adult and neonatal mice show that neonates are susceptible to a low Lm inoculum and that this susceptibility results from the immaturity of the neonatal gut microbiota. Infected neonates should therefore be isolated for as long as they shed Lm in their feces to avoid horizontal transmission and its dire consequences.


Assuntos
Doenças do Recém-Nascido , Listeria monocytogenes , Listeriose , Animais , Humanos , Recém-Nascido , Camundongos , Listeria monocytogenes/genética , Listeriose/tratamento farmacológico , Transmissão de Doença Infecciosa
10.
Science ; 380(6646): 688-690, 2023 05 19.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37200431

RESUMO

Sources from Mesopotamia contextualize the emergence of kissing and its role in disease transmission.


Assuntos
Transmissão de Doença Infecciosa , Comportamento Sexual , História Antiga , Mesopotâmia , Transmissão de Doença Infecciosa/história , Comportamento Sexual/história , Humanos , Animais
11.
J Virol ; 97(5): e0188822, 2023 05 31.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36975793

RESUMO

Zaïre ebolavirus (EBOV) causes Ebola virus disease (EVD), a devastating viral hemorrhagic fever in humans. Nonhuman primate (NHP) models of EVD traditionally use intramuscular infection with higher case fatality rates and reduced mean time-to-death compared to contact transmission typical of human cases of EVD. A cynomolgus macaque model of oral and conjunctival EBOV was used to further characterize the more clinically relevant contact transmission of EVD. NHPs challenged via the oral route had an overall 50% survival rate. NHPs challenged with a target dose of 1 × 102 PFU or 1 × 104 PFU of EBOV via the conjunctival route had 40% and 100% mortality, respectively. Classic signs of lethal EVD-like disease were observed in all NHPs that succumbed to EBOV infection including viremia, hematological abnormalities, clinical chemistries indicative of hepatic and renal disease, and histopathological findings. Evidence of EBOV viral persistence in the eye was observed in NHPs challenged via the conjunctival route. IMPORTANCE This study is the first to examine the Kikwit strain of EBOV, the most commonly used strain, in the gold-standard macaque model of infection. Additionally, this is the first description of the detection of virus in the vitreous fluid, an immune privileged site that has been proposed as a viral reservoir, following conjunctival challenge. The oral and conjunctival macaque challenge model of EVD described here more faithfully recapitulates the prodrome that has been reported for human EVD. This work paves the way for more advanced studies to model contact transmission of EVD, including early events in mucosal infection and immunity, as well as the establishment of persistent viral infection and the emergence from these reservoirs.


Assuntos
Ebolavirus , Doença pelo Vírus Ebola , Animais , Humanos , Ebolavirus/fisiologia , Doença pelo Vírus Ebola/transmissão , Macaca fascicularis , Modelos Animais de Doenças , Túnica Conjuntiva/virologia , Transmissão de Doença Infecciosa
12.
Nature ; 614(7946): 125-135, 2023 02.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36653448

RESUMO

The human microbiome is an integral component of the human body and a co-determinant of several health conditions1,2. However, the extent to which interpersonal relations shape the individual genetic makeup of the microbiome and its transmission within and across populations remains largely unknown3,4. Here, capitalizing on more than 9,700 human metagenomes and computational strain-level profiling, we detected extensive bacterial strain sharing across individuals (more than 10 million instances) with distinct mother-to-infant, intra-household and intra-population transmission patterns. Mother-to-infant gut microbiome transmission was considerable and stable during infancy (around 50% of the same strains among shared species (strain-sharing rate)) and remained detectable at older ages. By contrast, the transmission of the oral microbiome occurred largely horizontally and was enhanced by the duration of cohabitation. There was substantial strain sharing among cohabiting individuals, with 12% and 32% median strain-sharing rates for the gut and oral microbiomes, and time since cohabitation affected strain sharing more than age or genetics did. Bacterial strain sharing additionally recapitulated host population structures better than species-level profiles did. Finally, distinct taxa appeared as efficient spreaders across transmission modes and were associated with different predicted bacterial phenotypes linked with out-of-host survival capabilities. The extent of microorganism transmission that we describe underscores its relevance in human microbiome studies5, especially those on non-infectious, microbiome-associated diseases.


Assuntos
Bactérias , Transmissão de Doença Infecciosa , Microbioma Gastrointestinal , Ambiente Domiciliar , Microbiota , Boca , Feminino , Humanos , Lactente , Bactérias/classificação , Bactérias/genética , Bactérias/isolamento & purificação , Microbioma Gastrointestinal/genética , Metagenoma , Microbiota/genética , Mães , Boca/microbiologia , Transmissão Vertical de Doenças Infecciosas , Características da Família , Envelhecimento , Fatores de Tempo , Viabilidade Microbiana
13.
Funct Integr Genomics ; 23(1): 36, 2023 Jan 12.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36631570

RESUMO

In comparison to previously known severe respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants, the newly emerged Omicron (B.1.1.529) variant shows higher infectivity in humans. Exceptionally high infectivity of this variant raises concern of its possible transmission via other intermediate hosts. The SARS-CoV-2 infectivity is established via the association of spike (S) protein receptor binding domain (RBD) with host angiotensin I converting enzyme 2 (hACE2) receptor. In the course of this study, we investigated the interaction between Omicron S protein RBD with the ACE2 receptor of 143 mammalian hosts including human by protein-protein interaction analysis. The goal of this study was to forecast the likelihood that the virus may infect other mammalian species that coexist with or are close to humans in the household, rural, agricultural, or zoological environments. The Omicron RBD was found to interact with higher binding affinity with the ACE2 receptor of 122 mammalian hosts via different amino acid residues from the human ACE2 (hACE2). The rat (Rattus rattus) ACE2 was found to show the strongest interaction with Omicron RBD with a binding affinity of -1393.6 kcal/mol. These distinct strong binding affinity of RBD of Omicron with host ACE2 indicates a greater potential of new host transmissibility and infection via intermediate hosts. Though expected but the phylogenetic position of the mammalian species may not dictate the Omicron RBD binding to the host ACE2 receptor suggesting an involvement of multiple factors in guiding host divergence of the variant.


Assuntos
Enzima de Conversão de Angiotensina 2 , COVID-19 , Transmissão de Doença Infecciosa , SARS-CoV-2 , Glicoproteína da Espícula de Coronavírus , Animais , Humanos , Ratos , Enzima de Conversão de Angiotensina 2/química , Enzima de Conversão de Angiotensina 2/metabolismo , COVID-19/virologia , Mamíferos , Mutação , Filogenia , Ligação Proteica , SARS-CoV-2/genética , SARS-CoV-2/patogenicidade , Glicoproteína da Espícula de Coronavírus/química , Glicoproteína da Espícula de Coronavírus/metabolismo
14.
J Hosp Infect ; 131: 23-33, 2023 Jan.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36240955

RESUMO

BACKGROUND: Hospital transmission of SARS-CoV-2 has proved difficult to control, with healthcare-associated infections troublesome throughout. AIM: To understand factors contributing to hospital transmission of infections, which is necessary for containing spread. METHODS: An outbreak of 56 staff and patient cases of COVID-19 over a 31-day period in a tertiary referral unit is presented, with at least a further 29 cases identified outside of the unit and the hospital by whole genome sequencing (WGS). FINDINGS: Transmission is documented from staff to staff, staff to patients, and patients to staff, showing disruption of a tertiary referral service, despite implementation of nationally recommended control measures, superior ventilation, and use of personal protective equipment. There was extensive spread from the index case, despite this patient spending only 10 h bed bound on the ward in strict cubicle isolation and with an initial single target low level (CT = 32) polymerase chain reaction test. CONCLUSION: This investigation highlights how effectively and rapidly SARS-CoV-2 can spread in certain circumstances. It raises questions about infection control measures in place at the time and calls into question the premise that transmissibility can be reliably detected by using lower sensitivity rapid antigen lateral flow tests. We also highlight the value of early intervention in reducing impact as well as the value of WGS in understanding outbreaks.


Assuntos
COVID-19 , Infecção Hospitalar , Surtos de Doenças , Transmissão de Doença Infecciosa , SARS-CoV-2 , Humanos , COVID-19/diagnóstico , COVID-19/prevenção & controle , COVID-19/transmissão , Surtos de Doenças/prevenção & controle , Hospitais , Controle de Infecções/métodos , SARS-CoV-2/genética , Sequenciamento Completo do Genoma , Infecção Hospitalar/genética , Infecção Hospitalar/prevenção & controle , Infecção Hospitalar/transmissão , Transmissão de Doença Infecciosa/prevenção & controle
15.
Environ Sci Technol ; 57(1): 486-497, 2023 01 10.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36537693

RESUMO

Respiratory viruses, including influenza virus and SARS-CoV-2, are transmitted by the airborne route. Air filtration and ventilation mechanically reduce the concentration of airborne viruses and are necessary tools for disease mitigation. However, they ignore the potential impact of the chemical environment surrounding aerosolized viruses, which determines the aerosol pH. Atmospheric aerosol gravitates toward acidic pH, and enveloped viruses are prone to inactivation at strong acidity levels. Yet, the acidity of expiratory aerosol particles and its effect on airborne virus persistence have not been examined. Here, we combine pH-dependent inactivation rates of influenza A virus (IAV) and SARS-CoV-2 with microphysical properties of respiratory fluids using a biophysical aerosol model. We find that particles exhaled into indoor air (with relative humidity ≥ 50%) become mildly acidic (pH ∼ 4), rapidly inactivating IAV within minutes, whereas SARS-CoV-2 requires days. If indoor air is enriched with nonhazardous levels of nitric acid, aerosol pH drops by up to 2 units, decreasing 99%-inactivation times for both viruses in small aerosol particles to below 30 s. Conversely, unintentional removal of volatile acids from indoor air may elevate pH and prolong airborne virus persistence. The overlooked role of aerosol acidity has profound implications for virus transmission and mitigation strategies.


Assuntos
Poluição do Ar em Ambientes Fechados , COVID-19 , Aerossóis e Gotículas Respiratórios , Humanos , Concentração de Íons de Hidrogênio , SARS-CoV-2 , Inativação de Vírus , Transmissão de Doença Infecciosa
17.
J Expo Sci Environ Epidemiol ; 33(3): 339-346, 2023 05.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36424424

RESUMO

BACKGROUND: Several studies suggest that far-field transmission (>6 ft) explains a significant number of COVID-19 superspreading outbreaks. OBJECTIVE: Therefore, quantifying the ratio of near- and far-field exposure to emissions from a source is key to better understanding human-to-human airborne infectious disease transmission and associated risks. METHODS: In this study, we used an environmentally-controlled chamber to measure volatile organic compounds (VOCs) released from a healthy participant who consumed breath mints, which contained unique tracer compounds. Tracer measurements were made at 0.76 m (2.5 ft), 1.52 m (5 ft), 2.28 m (7.5 ft) from the participant, as well as in the exhaust plenum of the chamber. RESULTS: We observed that 0.76 m (2.5 ft) trials had ~36-44% higher concentrations than other distances during the first 20 minutes of experiments, highlighting the importance of the near-field exposure relative to the far-field before virus-laden respiratory aerosol plumes are continuously mixed into the far-field. However, for the conditions studied, the concentrations of human-sourced tracers after 20 minutes and approaching the end of the 60-minute trials at 0.76 m, 1.52 m, and 2.28 m were only ~18%, ~11%, and ~7.5% higher than volume-averaged concentrations, respectively. SIGNIFICANCE: This study suggests that for rooms with similar airflow parameters disease transmission risk is dominated by near-field exposures for shorter event durations (e.g., initial 20-25-minutes of event) whereas far-field exposures are critical throughout the entire event and are increasingly more important for longer event durations. IMPACT STATEMENT: We offer a novel methodology for studying the fate and transport of airborne bioaerosols in indoor spaces using VOCs as unique proxies for bioaerosols. We provide evidence that real-time measurement of VOCs can be applied in settings with human subjects to estimate the concentration of bioaerosol at different distances from the emitter. We also improve upon the conventional assumption that a well-mixed room exhibits instantaneous and perfect mixing by addressing spatial distances and mixing over time. We quantitatively assessed the exposure levels to breath tracers at alternate distances and provided more insights into the changes on "near-field to far-field" ratios over time. This method can be used in future to estimate the benefits of alternate environmental conditions and occupant behaviors.


Assuntos
Poluentes Atmosféricos , Poluição do Ar em Ambientes Fechados , Transmissão de Doença Infecciosa , Poluentes Atmosféricos/análise , Testes Respiratórios , Compostos Orgânicos Voláteis , Aerossóis
19.
Psicol. ciênc. prof ; 43: e250675, 2023. tab
Artigo em Português | LILACS, INDEXPSI | ID: biblio-1448938

RESUMO

Em março de 2020 a situação causada pela covid-19 foi elevada à categoria de pandemia, impactando de inúmeras formas a vida em sociedade. O objetivo deste estudo foi compreender os impactos da pandemia na atuação e saúde mental do psicólogo hospitalar, profissional que atua nos espaços de saúde e tem experienciado mais de perto o sofrimento dos doentes e dos profissionais de saúde frente à covid-19. Trata-se de um estudo exploratório-descritivo com 131 psicólogos que atuam em hospitais. Os profissionais foram convidados a participar através de redes sociais e redes de contatos das pesquisadoras, utilizando-se a técnica Bola de Neve. Foram utilizados dois questionários, disponibilizados na plataforma Google Forms, um abordando os impactos da pandemia sentidos pelos profissionais e outro referente ao sofrimento psíquico. Os dados foram analisados a partir de estatísticas descritivas e inferenciais. Foram observados impactos na atuação de quase a totalidade dos participantes, constatada a necessidade de preparação dos profissionais para o novo cenário, a percepção de pouco apoio institucional e quase metade da população estudada referiu-se a sintomas de sofrimento psíquico considerável desde o início da pandemia. É fundamental dar atenção a sinais e sintomas de sofrimento psíquico, procurando evitar o adoecimento de uma categoria profissional que se encontra na linha de frente do combate aos danos psicológicos da pandemia e cuja própria saúde mental é pouco abordada na literatura.(AU)


In March 2020, the COVID-19 pandemic breakout hugely impacted life in society. This study analyzes how the pandemic impacted hospital psychologists' mental health and performance, professional who more closely experienced the suffering of patients and health professionals in this period. An exploratory and descriptive study was conducted with 131 hospital psychologists. Professionals were invited to participate through the researchers' social and contact networks using the Snowball technique. Data were collected by two questionnaires available on the Google Forms platform, one addressing the impacts felt by professionals and the other regarding psychic suffering, and analyzed by descriptive and inferential statistics. Results showed that almost all participants had their performance affected by the need to prepare for the new scenario, the perceived little institutional support. Almost half of the study sample reported considerable psychological distress symptoms since the beginning of the pandemic. Paying attention to signs and symptoms of psychic suffering is fundamental to avoid compromising a professional category that is on the front line of combating the psychological damage caused by the pandemic and whose own mental health is little addressed by the literature.(AU)


En marzo de 2020, la situación provocada por el COVID-19 se caracterizó como pandemia e impactó el mundo de diversas maneras. El objetivo de este estudio fue comprender los impactos de la pandemia en la salud mental y la actuación del psicólogo en los hospitales, uno de los profesionales que trabaja en espacios sanitarios y que ha experimentado más de cerca el sufrimiento de pacientes y profesionales sanitarios frente al COVID-19. Este es un estudio exploratorio descriptivo, realizado con 131 psicólogos que trabajan en hospitales. Los profesionales recibieron la invitación a participar a través de las redes sociales y redes de contactos de las investigadoras, mediante la técnica snowball. Se utilizaron dos cuestionarios disponibles en la plataforma Google Forms: uno sobre los impactos de la pandemia en los profesionales y el otro sobre el sufrimiento psíquico. Los datos se analizaron a partir de estadísticas descriptivas e inferenciales. Se observaron impactos en el trabajo de casi todos los participantes, la necesidad de preparación de los profesionales para este nuevo escenario, la percepción de poco apoyo institucional, y casi la mitad de la población estudiada reportaron sentir síntomas de considerable angustia psicológica desde el inicio de la pandemia. Es esencial prestar atención a los signos y síntomas del sufrimiento psíquico, buscando evitar la enfermedad de una categoría profesional que está a la vanguardia de la lucha contra el daño psicológico de la pandemia y cuya propia salud mental se aborda poco en la literatura.(AU)


Assuntos
Humanos , Feminino , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Adulto Jovem , Psicologia , Saúde Mental , Infecções por Coronavirus , Pandemias , Ansiedade , Orientação , Médicos , Roupa de Proteção , Respiração , Infecções Respiratórias , Segurança , Atenção , Enquadramento Psicológico , Ajustamento Social , Isolamento Social , Estresse Fisiológico , Estresse Psicológico , Conscientização , Software , Imunoglobulina M , Adaptação Psicológica , Preparações Farmacêuticas , Humor Irritável , Família , Portador Sadio , Fatores Epidemiológicos , Prática de Saúde Pública , Quarentena , Saneamento , Higiene , Saúde Pública , Epidemiologia , Risco , Surtos de Doenças , Coleta de Dados , Taxa de Sobrevida , Mortalidade , Transporte de Pacientes , Triagem , Busca de Comunicante , Saúde Ocupacional , Imunização , Precauções Universais , Controle de Infecções , Programas de Imunização , Transmissão de Doença Infecciosa do Profissional para o Paciente , Transmissão de Doença Infecciosa do Paciente para o Profissional , Coronavirus , Assistência Integral à Saúde , Transmissão de Doença Infecciosa , Consulta Remota , Contenção de Riscos Biológicos , Ventilação Pulmonar , Planos de Emergência , Vulnerabilidade a Desastres , Declaração de Estado de Emergência em Desastres , Planejamento em Desastres , Morte , Confiança , Poluição do Ar , Etanol , Economia , Emergências , Serviços de Emergência Psiquiátrica , Empatia , Ética Profissional , Capacitação Profissional , Vigilância em Saúde do Trabalhador , Relações Familiares , Terapia Familiar , Resiliência Psicológica , Período de Incubação de Doenças Infecciosas , Medo , Epidemias , Rede Social , Consumo Excessivo de Bebidas Alcoólicas , Monitoramento Epidemiológico , Equipamento de Proteção Individual , Ajustamento Emocional , Despacho de Emergência Médica , Sobrevivência , Separação da Família , Crescimento Psicológico Pós-Traumático , Constrangimento , Tristeza , Teletrabalho , Distanciamento Físico , Teste de Ácido Nucleico para COVID-19 , SARS-CoV-2 , Fatores Sociodemográficos , Prevenção ao Suicídio , Síndrome Pós-COVID-19 Aguda , Pesquisa sobre Serviços de Saúde , Sistema Imunitário , Distúrbios do Início e da Manutenção do Sono , Ira , Solidão , Máscaras , Meios de Comunicação de Massa , Negativismo , Enfermeiros , Avaliação em Enfermagem
20.
Psicol. ciênc. prof ; 43: e248295, 2023.
Artigo em Português | LILACS, INDEXPSI | ID: biblio-1431129

RESUMO

Este ensaio propõe que a Covid-19 pode operar como um analisador, dentro da perspectiva da análise institucional, iluminando um determinado modo de organização social que promove profundas desigualdades e ameaça a vida em diversos níveis e revelando as condições sociais, institucionais e políticas de produção de sofrimento no corpo profissional de Enfermagem. A pandemia desvelou um conjunto de marcas relacionadas à profissão, agravadas pela crise sanitária, reforçando a naturalização das relações de cuidado atribuídas ao feminino, bem como um conjunto de clivagens e hierarquias internas à profissão a partir da sinergia de marcadores da diferença, como gênero, cor/raça, classe e geração. Além disso, este trabalho mostra a presença de uma necropolítica nas respostas à pandemia que banaliza a vida e permite morrer determinados grupos sociais. A ideia de "profissionais de linha de frente" é criticada em suas metáforas bélicas, mas tomada como figura de linguagem em sua potência para afirmar que existem corpos que, pelas marcas sociais e históricas e pela interdependência do cuidado, são mais presentes e exigidos e, portanto, mais vulneráveis à doença e ao sofrimento dela decorrente.(AU)


The essay proposes that Covid-19 can operate as an analyzer, within the perspective of institutional analysis, illuminating a certain mode of social organization that promotes profound inequalities and threatens life at various levels, revealing the social, institutional and political conditions for the production of suffering in the professional nursing body. The pandemic would unveil a set of marks related to the profession, aggravated by the sanitary crisis, reinforcing the naturalization of the care relations attributed to the feminine, as well as a set of cleavages and internal hierarchies to the profession from the synergy of markers of difference as gender, color/race, class and generation. The work shows the presence of necropolitics in responses to the pandemic, which trivializes life and allows certain social groups to die. The idea of "front-line professionals" is criticized in its war metaphors, but taken as a figure of speech in its potency to affirm that there are bodies that by social and historical marks, and by the interdependence of care, are more present and demanded, and therefore more vulnerable to disease and the resulting suffering.(AU)


El ensayo propone que el Covid-19 puede funcionar como analizador, desde la perspectiva del análisis institucional, revelando las condiciones sociales, institucionales y políticas de producción de sufrimiento de enfermeras. La pandemia revela algunas marcas relacionadas con la profesión, agravadas por la crisis de salud, reforzando la naturalización de la atribución del cuidado a lo femenino y un conjunto de jerarquías internas de la profesión. El trabajo también muestra la presencia de una necropolítica en las respuestas a la pandemia. La idea de "profesionales de primera línea" es criticada, pero tomada como una figura del lenguaje en su potencia para afirmar que hay cuerpos que, por las marcas sociales e históricas y por la interdependencia del cuidado, están más presentes y demandados, y por lo tanto más vulnerables a la enfermedad.(AU)


Assuntos
Humanos , Feminino , Enfermagem , Angústia Psicológica , Identidade de Gênero , Autoteste , COVID-19 , Oxigenoterapia , Dor , Equipe de Assistência ao Paciente , Alta do Paciente , Pacientes , Política , Atenção Primária à Saúde , Psicologia , Garantia da Qualidade dos Cuidados de Saúde , Qualidade de Vida , Relações Raciais , Salários e Benefícios , Mudança Social , Isolamento Social , Ciências Sociais , Fatores Socioeconômicos , Transtornos de Estresse Pós-Traumáticos , Mulheres Trabalhadoras , Comportamento e Mecanismos Comportamentais , Características da População , Teoria de Enfermagem , Riscos Ocupacionais , Esgotamento Profissional , Viroses , Vacinas , Pesquisa em Enfermagem , Acidentes de Trabalho , Portador Sadio , Saúde Mental , Mortalidade , Modelos de Enfermagem , Saúde Ocupacional , Carga de Trabalho , Autonomia Profissional , Assistência de Longa Duração , Qualidade, Acesso e Avaliação da Assistência à Saúde , Programas de Imunização , Transmissão de Doença Infecciosa , Continuidade da Assistência ao Paciente , Feminismo , Cuidados Críticos , Vulnerabilidade a Desastres , Risco à Saúde Humana , Acesso à Informação , Atenção à Saúde , Poluição do Ar , Economia e Organizações de Saúde , Emergências , Emprego , Meio Ambiente e Saúde Pública , Funções Essenciais da Saúde Pública , Disparidades nos Níveis de Saúde , Ética Profissional , Vigilância em Saúde do Trabalhador , Programa de Prevenção de Riscos no Ambiente de Trabalho , Efeitos da Contaminação do Ar , Enfermagem Baseada em Evidências , Medo , Remuneração , Intervenção Médica Precoce , Medicalização , Assistência Ambulatorial , Equipamento de Proteção Individual , Sistemas de Apoio Psicossocial , Estresse Ocupacional , Esgotamento Psicológico , Assistência ao Paciente , Fardo do Cuidador , Modelos Biopsicossociais , Teste Sorológico para COVID-19 , Equidade de Gênero , Desenvolvimento de Vacinas , Recursos Comunitários , Enquadramento Interseccional , Racismo Sistêmico , Vulnerabilidade Social , Crise Humanitária , Condições de Trabalho , Síndrome Pós-COVID-19 Aguda , Prevenção de Acidentes , Ocupações em Saúde , Serviços de Saúde , Acesso aos Serviços de Saúde , Comportamento de Ajuda , Hierarquia Social , Hospitalização , Hospitais , Humanismo , Cuidados para Prolongar a Vida , Máscaras , Tono Muscular , Assistência Noturna , Cuidados de Enfermagem , Enfermagem Prática , Equipe de Enfermagem , Doenças Profissionais
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